Współczesne leśnictwo musi sprostać nowym wyzwaniom. Obowiązkiem leśników jest harmonijnie godzić wartości środowiskowe i ogólnospołeczne lasu z korzyściami surowcowymi. Górskie lasy Nadleśnictwa Limanowa pełnią szereg funkcji gospodarczo- społecznych. Na pierwszy plan wysuwa się ich funkcja retencji wód oraz ochrony gleb przed erozją. Nie mniej ważne są także funkcje krajobrazowe i społeczne lasu, do których należy zaliczyć dostarczanie miejsc do wypoczynku i rekreacji, zbioru owoców runa leśnego i grzybów.

Ochrona przyrody

Rezerwat przyrody i Obszar Natura 2000 ,,Kostrza" - powołane szczególnie dla ochrony języcznika zwyczajnego (rzadkiej, chronionej paproci) oraz drzewostanów jaworzyny górskiej i buczyny karpackiej.

 
Rezerwat przyrody ,,Śnieżnica" - rezerwat leśny, w którym występują siedliska kwaśnej buczyny górskiej wraz z charakterystycznym dla niej gatunkiem runa - kosmatką gajową oraz siedliska żyznej buczyny górskiej, którą wyróżnia się na podstawie obecności żywca gruczołowatego.

Rezerwat przyrody i Obszar Natura 2000 ,,Luboń Wielki" - powołane przede wszystkim ze względu na unikatowe gołoborza krzemianowe. Na tym terenie stwierdzono tez gatunek zagrożony wyginięciem, będący pod ścisłą ochroną - niewielką paproć, zanokcicę północną.. Wokół gołoborzy na Luboniu Wielkim występuje siedlisko górskich borów świerkowych.

Obszar Natura 2000 ,,Ostoje Nietoperzy Beskidu Wyspowego" - utworzony głównie dla ochrony kolonii rozrodczych i żerowisk nietoperza - podkowca małego

Pomnik przyrody nieożywionej - "Grota Zbójnicka na Łopieniu" i Obszar Natura 2000 ,,Uroczysko Łopień" - Pierwotnym celem ochrony była sama jaskinia. W następnych latach stwierdzono, ze ta grata jest jednym z największych w Europie, a największym w Polsce, zimowiskiem podkowca małego. W czasie zimy hibernuje tam nawet do pięciuset osobników tego gatunku. Ochronie podlega ponadto teren otaczający jaskinię gdzie znajduje się wysokie torfowisko z owadożerną. rośliną - rosiczką okrągłolistną oraz siedlisko świerczyny na torfie.

Obszar Natura 2000 ,,Ostoja Gorczańska" - obszar o szczególnym nagromadzeniu rzadkich gatunków ptaków. Występują tu między innymi: orzeł przedni, orlik krzykliwy, puchacz, bocian czarny, głuszec, cietrzew oraz dzieciął trójpalczasty.

Obszar  Natura   2000  ,,Lubogoszcz" - podstawowym celem ochrony jest żyzna buczyna i siedlisko jaworzyny z języcznikiem zwyczajnym, wykształcone na glebie silnie szkieletowej z przemieszczającym się rumoszem skalnym.

Południowomałopolski Obszar Chronionego Krajobrazu. Jest to duży powierzchniowo obszar chroniący różnorodność krajobrazowo- ekosystemową Beskidów. W zasięgu tej formy ochrony znajduje się blisko 7.5 tysiąca hektarów (90 %) lasów państwowych zarządzanych przez Nadleśnictwo Limanowa.

Poza powierzchniowymi formami ochrony przyrody, na obszarze Nadleśnictwa Limanowa występuje spora liczba chronionych gatunków, zarówno ze świata roślin (52 gatunki chronione), jak i zwierząt (płazy-7 gatunków, gady- 7, ptaki -122, ssaki - 24).